En "Usuarios y equipos de Active Directory", menú Ver -> Características avanzadas.
A continuación, botón derecho sobre la UO que queremos borrar y elegimos "Propiedades". Ahora vamos a la pestaña "Seguridad". Pulsamos "Opciones Avanzadas". Editamos los permisos del grupo "Todos" y le quitamos la denegación sobre "Eliminar" y "Eliminar subárbol".
Ahora ya se puede eliminar la UO.